Análisis bioinformático de la ruta de biosíntesis de fenilpropanoides en Gomphrena globosa para el estudio de los niveles de expresión génica

Resumen

Gomphrena globosa es una planta que produce diferentes metabolitos secundarios que son de interés debido a la actividad biológica que presentan, por ejemplo: actividad antiinflamatoria, citotóxica, antioxidante y antimicrobiana. Los principales metabolitos que se han encontrado en cultivos in vitro son fenoles simples y flavonoides. La ruta biosintética de estos compuestos es bien conocida, siendo útil como herramienta para manipulación genética al existir amplia información sobre sus genes estructurales. Sin embargo, no hay suficiente información sobre su regulación, lo que abre campo para investigar la correlación entre los niveles de expresión de los genes correspondientes y la regulación de la ruta en G. globosa, con aplicaciones en la ingeniería metabólica. Por lo tanto, se realizó un análisis bioinformático para identificar posibles enzimas candidatas que ejerzan regulación o que fueran puntos de ramificación en la ruta. Las secuencias de nucleótidos se obtuvieron de enzimas altamente relacionadas, debido a que no hay secuencias reportadas de enzimas de G. globosa al momento, sin embargo la información disponible para estas moléculas relacionadas permitió seleccionar un grupo de seis enzimas como nodos de regulación en la vía biosintética de fenilpropanoides en G. globosa. Los oligonucleótidos diseñados por homología de secuencia reunieron las consideraciones de diseño para ser utilizados en subsecuentes análisis de expresión génica y son un importante aporte a la investigación genética y de regulación metabólica en G. globosa.