Exploración filogenómica y de metabolismo secundario de actinobacterias aisladas de sedimentos de la Laguna Ojo de Liebre, México

Resumen

La Reserva de la Biósfera Complejo Lagunar Ojo de Liebre, es un hábitat esencial para especies migratorias como la ballena gris y diversas aves. Este único entorno hipersalino está subexplorado en cuanto a su diversidad microbiana, especialmente en lo que respecta a las actinobacterias, que son una de las fuentes más prolíficas de compuestos bioactivos encontrados en los ecosistemas marinos. En esta investigación se analizaron 12 genomas de actinobacterias aisladas de sedimento marino de la Laguna Ojo de Liebre (LOL) en B.C.S., México. Los genomas se clasificaron en 3 géneros; Actinomadura, Nocardiopsis y Micromonospora. La minería genómica reveló la presencia de 314 Grupos de Genes Biosintéticos (BGCs, por sus siglas en inglés) asociados al metabolismo secundario. Las principales categorías de BGCs encontradas fueron terpenos, policétidos tipo I (T1PKS), péptido sintetasas no ribosomal (NRPS) y péptidos modificados postraduccionalmente y sintetizados ribosomalmente (RiPPS). Además, se observaron los patrones de Familias de Grupos de Genes (GCFs por sus siglas en inglés), obteniendo categorías comunes entre los genomas y solamente 4 GCFs se asignaron a la producción de compuestos conocidos (<1%). Ningún GCF se asignó a rutas responsables de la producción de compuestos conocidos, lo que implica que las agrupaciones detectadas podrían ser responsables de la producción de nuevos compuestos. La información filogenómica generada sugiere la presencia de cinco cepas candidatas a nuevas especies de actinobacteria del género Micromonospora y Nocardiopsis. Los genomas de las actinobacterias aisladas de los sedimentos de LOL mostraron metabolitos secundarios desconocidos, lo que resalta su potencial biotecnológico en la producción de compuestos no caracterizados.