Interacción molecular de fructanos lineales y ramificados de distintos tamaños con levansacarasa e inulinsacarasa de Lactobacillus gasseri: modelado y análisis computacional

Resumen

Los seres humanos consumimos probióticos y prebióticos por los beneficios que aportan a la salud. Lactobacillus gasseri es un microorganismo probiótico nativo del ser humano que produce enzimas glicolíticas dirigidas a la hidrólisis de fibras solubles (prebióticos tipo fructanos). En este trabajo se utilizaron levansacarasa e inulinsacarasa de L. gasseri para predecir su capacidad de interacción con prebióticos lineales y ramificados (inulina y agavina). AlphaFold y SWISS-MODEL fueron los servidores utilizados para la predicción de la estructura terciaria de LevG e InuGB, y se utilizaron sacáridos con diferentes grados de polimerización (DP2-DP20) para generar acoplamientos moleculares usando AutodockVina, GlycoTorchVina y Autodock FR. Las mejores energías de afinidad obtenidas fueron con agavinas e inulinas (DP6 y DP8). Los principales aminoácidos implicados en la interacción con estos sustratos son el ácido aspártico, ácido glutámico, asparagina y arginina. A su vez, el bolsillo de unión muestra características hidrofílicas necesarias para la interacción. GlycoTorchVina fue el mejor software para el acoplamiento de carbohidratos. Estos resultados demuestran la capacidad de las enzimas de L. gasseri para interactuar con diferentes estructuras moleculares de fructanos. Lo anterior ayuda a comprender la relación estructura-funcionalidad del efecto prebiótico, tanto en formulaciones simbióticas como en el tracto digestivo humano.